Dans la même veine que Tetris 99, Super Mario Bros. 35 et Pac-Man 99, le jeu reprend les graphismes et le gameplay du F-Zero original pour les transposer dans un jeu battle royale. F-Zero 99 comporte les mêmes véhicules et les mêmes circuits que le jeu de 1990. Le système de turbo rappelle celui de F-Zero X[2]. Chaque véhicule est équipé d'une jauge d'énergie qui baisse lors de collisions avec les murs ou avec d'autres pilotes. Le joueur peut également utiliser une partie de sa jauge d'énergie pour obtenir un boost. Le mode principal consiste à jouer une course en ligne pouvant accueillir jusqu'à 99 joueurs. D'autres modes sont disponibles en rotation, parmi lesquels on retrouve Grand Prix, Combat par épuipe et Circuits Pros[3],[4].